Don Fernando Marín, minero, y su esposa Lucia se identifican plenamente con el sufrimiento de los indios de Killac; cooperan con el dinero al Indio Juan Yupanqui para protegerlo de los cobros injustos a que lo sometían el cura pascual, el gobernador Sebastián Pancorbo y los vecinos blancos.

Las acciones que cometen los abusivos explotadores de Killac son extremadamente inhumanas, como por ejemplo el rapto de la pequeña hija de Juan Yupanqui que el cobrador de impuestos hace con la complicidad de las autoridades, para luego venderla en arequipa.

La ayuda que brinda don Fernando Marín salva a la hija de JuanYupanqui. La solidaridad de la familia Marín con los indios humillados y maltratados simboliza la medición de un elemento externo y civilizador, ajeno a la estructura interna de la sociedad lugareña, que rompe el equilibrio tradicional de la explotación del indio.

Los explotadores e sienten amenazados de afuera, por gente que no reconocen el equilibrio de la explotación, y por ello deciden suprimir la amenaza de manera violenta, recurso tradicionalmente efectivo para controlar la rebelión del indio.

Organizan una asonada popular contra los forasteros para asesinarlos; los esposos Marín escapan a tiempo del atentado gracias a otra intervención providencial, en cierto modo otra vez ajena al lugar; se trata de Manuel, un joven estudiante de jurisprudencia, que con el exilio de su madre Petronila, se hace presente en la casa de los Marín para salvarlos.

Manuel es hijastro del gobernador y este hecho crea disensión en
el campo enemigo del indio; un elemento ideólogo interesante es que la salvación del indio en la novela indigenista tiene como punto de partida el cambio de la conciencia en algunas personas del grupo explotador, gracias a la intervención de un factor civilizador; de esta manera de plantear el problema comienza con "aves sin nido". Antes de morir, Marcela Yupanqui confiesa un secreto a Lucia Marín, que será revelado al final de la novela, después de haber servido como ingrediente para crear un desenlace melodramático.

Las niñas Yupanqui, que se habían quedado huérfanas son adoptadas por los Marín. Margarita Yupanqui en manos de la novelista es apenas un recurso para insertar en la novela la trama romántica; sin ella el paso de la narración descansaría sobre la denuncia indigenista: Manuel se enamora subidamente de Margarita, como complemento de su figura como héroe salvador de los Marín.

Las preocupaciones de Clorinda Matto de Turner exige el castigo de los personajes culpables, así la intención moralizante de la novela romántica se hace evidente.

El cura personaje licencioso y uno de los instigadores de la asonada contra los Marín, rápidamente enferma y muere. Los otros complotados corren el peligro de ser enjuiciados por crimen; parecería que los mecanismos de la justicia, que no esta del todo ausente, se movía para castigar a los culpables; pero nuevamente son burlados por las autoridades (el gobernados Sebastián y el juez de paz) encargados de hacerlos funcionar.

Los culpables en Killac, atentados por el nuevo subprefecto, le echan la culpa de la asonada a otro indio, el campanero champú, que no tiene nada que hacer en el asunto, pero, por ser indio era la victima natural e inevitable dentro del sistema de explotación.

El indio champú va a la cárcel, se apropian de su ganado, su mujer martinas acude donde los Marín para pedir ayuda; se repite el patrón de la salvación providencial. Los Marín cansados de vivir en un medio tan injusto y temeroso de otras represalias, resuelven marcharse a lima.

Los Marín antes de la partida, dan un banquete a las personas mas importantes que eran los mas culpables, para con loable propósito cristiano logra persuadirles de que cambien sus costumbres ancestrales en nombre de la moral.

Las cosas terminan como terminan con la llegada a killac de una orden judicial de encarcelamiento para los culpables del crimen. Manuel, entenado del gobernador, gestiona y logra la libertad del indio champú y también la de su padrastro; así quedan libres tanto el culpable como el inocente.

Los Marín se marchan y Manuel los sigue para pedir la mano de margarita.
El final de la novela es cuando Manuel y margarita descubren que son hermanos, hijos del Obispo Pedro De Miranda Y Claro, producto de una época en que los dignatarios de la iglesia no solo tenían los privilegios de la riqueza sino también la prerrogativa de los señores feudales.